Команда была собрана в 2017 году из одноимённой компании «СтавропольАгроСоюз» под эгидой бизнесмена и футбольного наставника Алексея Сагала, заинтересованного в развитии спорта на Ставрополье. Так, в 2019 году благодаря поддержке Алексея Сагала, в городе было установлено первое футбольное поле по всероссийскому стандарту. Глава Невинномысска Михаил Миненков поддержал бизнесмена, и к концу 2019 года в городе открылось ещё несколько современных площадок для футболистов.
Наличие полей для тренировок стало причиной увеличения количества детско-юношеских футбольных команд в городе. Теперь «Весте» Эдуарда Багдасаряна, которая до этого была единственной в Невинномысске, есть с кем состязаться: на выбор пять новых детских команд. Кстати, спортсмены «СтавропольАгроСоюза» тоже принимают участие в подготовке поколения юных футболистов.
Новые стадионы в Невинномысске и в селе Ивановском стали стартовыми на пути к успеху «СтавропольАгроСоюза», увеличив качество подготовки спортсменов.
В 2018 году, заняв второе место в региональном чемпионате по футболу, команда не остановилась на достигнутом и уже в 2019 году завоевала звание чемпиона Ставропольского края. Это звание закрепилось за «СтавропольАгроСоюзом» и в 2020 году: команда победила во всех матчах, кроме одного с «Гваридей» - там кочубеевские футболисты сыграли ничью.
Также, в нынешнем году «СтавропольАгроСоюз» приняли участие в Первенстве России по футболу среди команд 3-го дивизиона ЮФО и СКФО. Футболисты добились уверенной победы в соревновании, отыграв 12 матчей.
В октябре 2020 года расписание чемпионов Ставрополья было очень забитым. Команда приняла участие ещё в пяти играх Кубка по футболу среди команд 3-го дивизиона ЮФО и СКФО, и выиграла все матчи.
Таким образом, несмотря на плотнейший график и сильную нагрузку, команда обеспечила себе место участника в Профессиональной футбольной лиге, одержав победу в Чемпионате среди футболистов ЮФО и СКФО.
