Батальон был создан 1 мая 1950 года в Баку на территории бригады 1 корпуса ЖДВ на станции Азырбеков Азербайджанской железной дороги. Его сформировали военный комендант подполковник Гордиенко Л.Н. и командир батальона подполковник Трошин Н.В.
В том же году батальон принимал участие в строительстве Азербайджанской
железной дороги.
С января 1995 года по ноябрь 1996 года участники батальона успешно справлялись с поставленными задачами во время чрезвычайного положения в Чеченской Республике.
В 2002 году в ходе наводнения в Невинномысске военнослужащие оказывали помощь горожанам.
С декабря 2016 года по август 2017 года личный состав батальона строил железнодорожный участок Журавка-Миллерово в обход Украины.
В Невинномысске в 2020 году на обновленной привокзальной площади установлен памятник воинам-железнодорожникам – воссозданные рельсы времен Великой Отечественной войны. Помимо этого, на патриотической части бульвара Мира стоит памятный знак, посвященный воинам-железнодорожникам.
В телеграм-канале глава Невинномысска, Герой России Михаил Миненков рассказал, что на данный момент невинномысские бойцы железнодорожного батальона принимают участие в специальной военной операции, многие из них получили государственные награды. Глава города пожелал военнослужащим крепкого здоровья и благополучия.
